Es gibt verschiedene Methoden ein Niesen zu unterdrücken bzw. es "nach innen zu verlagern" (nach innen zu niesen). Ob das für den Nieser wirklich gesund ist, sei mal dahingestellt, für die Menschen um ihn herum ist es aber natürlich besser, wenn der Nieser seine Keime nicht in die Umwelt prustet.
Denn selbst wenn man beim Niesen eine Hand vor Mund und Nase hält, erreicht der (oft nur mikroskopische) Auswurf eine solche Geschwindigkeit und eine solche breite Fächerung, dass immer etwas in die Umwelt gelangt. Weiterhin erschreckt man seine Umgebung ja nicht selten auch durch ein lautes Niesen.
Vor diesem Hintergrund macht es durchaus Sinn, sich für ein Niesen zu entschuldigen. Tatsächlich sehen "neue" Benimmregeln das so vor, ebenso, dass die Gegenseite dann nicht mehr "Gesundheit" sagt (weil man dadurch das "Missgeschick" des Niesers unbotmäßig betont, statt es einfach zu ignorieren, was höflicher wäre).
Niesen gilt in dem Sinne nicht mehr als "natürlicher Prozess", sondern als etwas Unhygienisches und auch Unappetitliches, das es nach Möglichkeit zu unterbinden gilt bzw. das man wenigstens möglichst lautlos tun sollte. Gelingt dies nicht, muss man sich dafür entschuldigen.
Genauso sind ja auch Blähungen eigentlich ein normaler, körperlicher Prozess, trotzdem weiß jeder, dass man im Beisein Dritter nicht einfach laustark furzen sollte.
Die Tatsache, dass man ja nicht absichtlich niest spielt bei der Frage, ob man sich entschuldigen sollte auch keine Rolle. Wenn man jemanden auf einer Treppe in die Hacken tritt, dann entschuldigt man sich doch auch, obwohl man es nicht mit Absicht getan hat.
Und genauso entschuldigt man sich, wenn man sein Niesen nicht unterdrücken konnte (bzw. nicht nach innen lenken konnte) und die Luft mit Keimen kontaminiert hat bzw. seine unmittelbare Umgebung durch die Geräuschkulisse aufgeschreckt hat.